Landakotsspítali tók til starfa í október 1902. Þar var augnlæknum veitt aðstaða fyrir sjúklinga sína sem fylgdi þeim öldina á enda. það var þó ekki fyrr en árið 1969 að formleg augndeild var loks stofnuð á Landakoti. Í september 1973 tók göngudeild augndeildar til starfa á neðri hæð Öldugötu 17 sem var áður innréttuð sem íbúð. Árið 1989 keypti Landakotsspítali líka efri hæð og ris og var þá allt húsið komið í eigu spítalans og nýtt undir starfsemi göngudeildarinnar. Landakotsspítali var sameinaður Landsspítala 1996. Um aldamótin 2000 flutti augndeildin á Landspítala Háskólasjúkrahús. Í kjölfarið tóku sérfræðingar deildarinnar yfir starfsemi Öldugötu 17. Þá var farið að þrengja að starfseminni enda mikil þróun í tækjabúnaði sem krafðist sérhæfðara húsnæðis. Árið 2004 flutti fyrrnefnd stofa frá Öldugötu 17 í Hamrahlíð 17 og var nafninu þá breytt í Augnlæknar Reykjavíkur. Nýir sérfræðingar hafa bæst í hópinn og aðrir hafa helst úr lestinni á þessum árum.
Göngudeildinni var á sínum tíma einkum ætlað að sjá um forvarnir, greiningu og meðferð á gláku, augnsjúkdómum barna og sjúkdómum í augnbotnum svo sem ellihrörnun eða skemmdum vegna sykursýki. Einnig var deildinni ætlað að sinna kennslu læknanema í augnsjúkdómafræði og kennslu unglækna í fræðunum. Augnlæknar Reykjavíkur í Hamrahlíð 17 sinna flestum þessum störfum enn.
Á Íslandi hófust lækningar með leysigeislum á Göngudeild Augndeildar 1980 og eru nú þrjú mismunandi leysitæki í notkun í Hamrahlíð 17. Leysitækin eru mest notuð við meðferð á gláku og augnbotnasjúkdómum svo sem ellihrörnun og sykursýki í augnbotnum en einnig í tengslum við aðgerðir vegna skýs á augasteini. Einnig býr stofan yfir fullkomnum tækjum til myndgreiningar og rannsókna á augnsjúkdómum.
Á Göngudeildinni fóru fram miklar rannsóknir á helstu augnsjúkdómum á Íslandi um áratuga skeið og voru niðurstöður birtar í hátt metnum alþjóðlegum fræðiritum og vísindaritum. Þessi starsemi hefur haldið áfram í Hamrahlíð 17 og hefur hún verið styrkt af innlendum og alþjóðlegum vísindasjóðum.
